Отец Иустин Бонавентура Пранайтис начал строительство католического храма по проекту известного польского архитектора Людвика Панчакевича. В качестве первых рабочих на строительство храма были привлечены солдаты-католики, служившие в Ташкенте. Позже строителями были военнопленные, которые содержались под Ташкентом. Среди них были высококвалифицированные инженеры, скульпторы и каменщики.

После национализации в недостроенном храме размещались различные организации, а также общежитие Электрокабельного завода и склад медицинской техники. В то время как храм использовался не по назначению, почти все скульптуры, находящиеся в нём, были разрушены или разграблены.

По решению властей здание было отреставрировано и передано на баланс Министерству культуры УзССР. В 1981 году храму был присвоен статус архитектурно-исторического памятника Узбекистана.

Поcле распада Советского Союза правительство Республики Узбекистан передает в безвозмездное пользование здание храма католическому приходу Ташкента.

Началась полная реставрация храма, которой руководили архитектор Сергей Адамов и инженер Александр Пономарёв.

Римско-католический приход возглавил о. Кшиштоф Кукулка, францисканец из Польши, которого Папа Иоанн Павел II назначил ординарием “missio sui iuris” в Узбекистане.

Апостольский нунций Казахстана и Средней Азии архиепископ Мариан Олесь торжественно освятил восстановленный храм в честь Святейшего Сердца Иисуса.

Папа Иоанн Павел II повысил статус “missio sui iuris” до Апостольской Администратуры и назначил её первым ординарием епископа Ежи Мацулевича.

17 июня в Соборе Святейшего Сердца Иисуса епископ Ежи Мацулевич рукоположил первого католического священника, уроженца Узбекистана, о. Сергея Федорова.